شهید سید مصطفی خمینی فرزند امام خمینی (ره) در سال 1309 در قم متولد شد. ایشان دارای استعداد فراوانی بود؛ بطوریکه، در همان سنین جوانی به درجه اجتهاد نائل شد. شهید سیدمصطفی خمینی از سال 1341 که نهضت امام خمینی آغاز شد، همواره در کنار امام و یار و همراه و مشاور حضرت امام بود . ایشان پس از جریان 15 خرداد و نیز بار دیگر پس از تبعید حضرت امام، به علت اقدامات اعتراض‌آمیز خود بر علیه رژیم شاه توسط ساواک دستگیر شد و در نهایت نیز در 13 دی 1343 مأموران رژیم، به خانه او حمله کرده و ایشان را نیز به ترکیه تبعید کردند. ایشان پس از ورود به نجف در کنار برنامه‌های درسی و علمی، مبارزه را در کنار حضرت امام ادامه دادند. در سال 48 به دنبال یک سلسله فعالیت علیه رژیم بعثی عراق، دستگیر و به بغداد منتقل شدند. سرانجام در نیمه شب اول آبان 1356، آیت‌الله سید مصطفی خمینی، به شکل مرموزانه‌ای به شهادت رسید. شهادت ایشان، نهضت اسلامی ایران را جان تازه‌ای بخشید و به شکل انقلابی فراگیر درآمد که پس از 15 ماه منجر به سقوط رژیم پهلوی شد. شاید به همین جهت بود که حضرت امام خمینی (ره)، شهادت ایشان را از الطاف خفیه الهی دانستند.

نقل است که حضرت امام پس از شهادت وی به همسر بزرگوارشان فرمودند: «امانتی خداوند متعال به ما داده بود و اینک از ما گرفت. من صبر می‌کنم، شما هم صبر کنید و صبرتان هم برای خدا باشد».

خبر شهادت حاج آقا مصطفی در کشورهای خارجی و همچنین ایران موجی از غم و اندوه ایجاد نمود و حوزه‌های علمیه شهرهای مختلف تعطیل شد. رژیم پهلوی نیز ممنوعیت برپایی هرگونه مجالس سوگواری به مناسبت شهادت حاج آقا مصطفی را اعلام کرد، لکن مجالس بزرگداشت از سوی مراجع، شخصیت‌ها و آحاد مردم در سراسر کشور برپا شد. همچنین واکنش حضرت امام در برابر این موضوع قابل توجه بود، حضرت امام به تسلیت دهندگان شهادت فرزندش تنها یک جمله گفت: «مصطفی امید آینده اسلام بود» که نشان از عظمت والای مرحوم حاج آقا مصطفی دارد.